УИХ-аас Иргэний эрүүл мэндийн даатгалын хуулийг 1993 онд батлан 1994 оны 01-р сарын 01-нээс мөрдөж эрүүл мэндийн даатгалын үйл ажиллагааг “Монгол даатгал” компаниар гүйцэтгүүлэх шийдвэр гаргаснаар Монгол улсад эв санааны нэгдлийн зарчимд тулгуурласан үндэсний иргэний эрүүл мэндийн даатгалын тогтолцоог хөгжүүлэх эрх зүйн үндэс тавигдсан түүхтэй.
Улмаар Монгол Улсын Засгийн газрын 1995 оны 195-р тогтоолыг хэрэгжүүлэх зорилгоор “Эрүүл мэндийн даатгалын үйл ажиллагааг улсын нийгмийн даатгалын төв,орон нутгийн байгууллагад шилжүүлэх арга хэмжээний тухай” Монгол Улсын Хүн амын бодлого, хөдөлмөрийн, Эрүүл мэндийн, Сангийн сайдын хамтарсан тушаал гарч Эрүүл мэндийн даатгалыг Нийгмийн даатгалын байгууллагад шилжүүлснээр анхны Эрүүл мэндийн даатгалын хэлтсийг байгуулжээ.
Энэ үеэс хойш Иргэний эрүүл мэндийн даатгалын тухай хуульд 4 удаа өөрчлөлт орж 2017 онд орсон өөрчлөлтөөр Эрүүл мэндийн даатгалын байгууллага бие даасан байдлаар ажиллах болж Монгол Улсын Засгийн Газрын 2017 оны 12-р сарын 13-ны өдрийн тогтоолоор Эрүүл мэндийн сайдын эрхлэх асуудлын хүрээнд Засгийн газрын хэрэгжүүлэгч агентлаг Эрүүл мэндийн даатгалын ерөнхий газар байгуулагдан үйл ажиллагаагаа явуулж байна.
Тус байгууллагын хамт олон “даатгуулагчийг дээдэлсэн, үйлчлүүлэгч төвтэй” эрүүл мэндийн даатгалын хөгжлийг хангах зорилго тавин эрүүл мэндийн даатгалын бие даасан тогтолцоог төгөлдөржүүлэн, эрүүл мэндийн даатгалын тусламж үйлчилгээг даатгуулагч иргэдэд тэгш ,хүртээмжтэй, чанартай хүргэх, эрүүл мэндийн даатгалд цахим мэдээллийн технологийг нэвтрүүлэх, тусламж үйлчилгээний мэдээллийг даатгуулагчдад цахим хэлбэрээр хүргэх замаар даатгуулагчаа дээдэлсэн бодлогыг хэрэгжүүлэн ажиллаж байна.